Nie ma żadnych szczególnych przeciwwskazań do spożywania miodu nawłociowego. Osoby zmagające się z alergią na pyłki roślin mogą jednak odczuwać pewne niepożądane objawy po jego zjedzeniu, takie jak wysypka, katar czy kaszel. W takim przypadku należy skonsultować się z lekarzem lub unikać spożywania miodu nawłociowego.Ponadto, jak w przypadku każdego produktu spożywczego, należy zachować rozsądek w jego spożywaniu i nie przesadzać z ilościami, szczególnie jeśli jesteśmy na diecie lub mamy problemy z nadwagą lub cukrzycą. Miód, tak jak inne słodkie produkty, zawiera dużo cukru, więc należy go spożywać z umiarem.